تمثل موقف الفاتيكان من قيام " إسرائــــــــيل " عام 1948م بالحيـاد؛ أي "لا اعتراف ولا إدانة" و تزامن ذلك مع تزايد الاهتمام بتدويل القدس ومسألة اللاجئين الفلسطينيين. وفي عام 1985م، وبعد تولي البولندي "وتيلا " كرسي البـابوية تحت اسم " البابا يوحنا بولس الثاني" بثلاث سنوات، شرع الفاتيـــكان بتقديـــــم مجموعة من التنازلات لليهود، والتي اعتبرت تمهيداً لتخليه عن القضية الفلسطينـــية، وتوطئة لدخوله في مصالحة روحية وسياسية مع اليهود.
أما بعد احتلال القدس بالكامل، أخذت الكنيسة تطالب بجعل القدس مدينة مفتوحة؛ على أن تكون فيها مجالس بلدية، وأن تقوم الأمم المتحدة بوضع دستور خاص لها وتشرف على تطبيقه، وأن تدار المدينة بقسميها من قبل هيئة دولية تضمن حرية العبادة في الأماكن المقدسة، وتأمين الوصول إليها وحماية الحقوق لمختلف الطوائف الدينية.
شهد عام 1979 اللقاء الرسمي الأول بين البابا وممثلين فلسطينيين؛ وذلك عندما التقى البابا يوحنا بولس الثاني بممثلي منظمة التحرير الفلسطينية خلال زيارة في مقر الأمم المتحدة في مدينة نيويورك، وكان هذا اعترافاً ضمنياً بمنظمة التحرير الفلسطينية.
وفي 15 أيلول 1982، قام ياسر عرفات بزيارة تاريخية هي الأولى للفاتيكان، حيث التقى البابا يوحنا بولس الثاني، تبعه العديد من الزيارات، إلى أن أقيمت العلاقات الدبلوماسية مع منظمة التحرير الفلسطينية في 26 تشرين الأول 1994، وأعقب ذلك خطوة أخرى هامة جداً في 15 شباط 2000، وهي توقيع القاصد الرسولي على وثيقة "اتفاقية أساسية"، قبل حج البابا يوحنا بولس الثاني إلى الأراضي المقدسة. هذه الوثيقة رفعت العلاقات بين الكرسي الرسولي والسلطة الوطنية الفلسطينية إلى مستوى العلاقات مع إسرائيل، والتي تم التوقيع على اتفاق مماثل معها في العام 1993. ويتضمن الاتفاق الأساسي بين الكرسي الرسولي ومنظمة التحرير الفلسطينية نقطتين هامتين: دعوة الكرسي الرسولي إلى "حل عادل لقضية القدس" على أساس "قانون خاص للمدينة بضمانات دولية"، والتزام السلطة الفلسطينية بضمان "حرية الدين والاعتقاد للجميع". وهذا الاتفاق الأساسي لا يزال مجرد "إعلان مبادئ" يحتاج إلى أن يترجم الى إطار قانوني في اطار مجموعة من المعايير الملموسة لتنظيم تواجد الكنيسة الكاثوليكية في فلسطين.
وفي أعقاب الانتفاضة الثانية، جمّد الفاتيكان علاقاته الدبلوماسية مع إسرائيل، فأعلن البابا امتعاضه لتوقف عملية السلام بين فلسطين والدول العربية من جهة وإسرائيل من جهة آخرى، وذلك بسبب عدم التزام "إسرائيل" بالاتفاقيات التى وقعتها مع فلسطين. وأكد البابا فى 23 فبراير 1999م، عدم استعداده للحج للأماكن المقدسة فى فلسطين طالما بقيت حكومة نتنياهو فى الحكم.
ستة لقاءات جمعت أبو مازن ببندكتس السادس عشر؛ خمس مرات في روما، وواحدة في الأراضي المقدسة خلال زيارته في العام2009، التي قام خلالها بزيارة مخيم عايدة. ومنذ أن أصدرت الجمعية العامة للأمم المتحدة قراراً بتغيير وضع "كيان" فلسطين إلى "دولة مراقبة غير عضو" في الامم المتحدة عام 2012، فإن الكرسي الرسولي اعتمد في اوراقه الرسمية مسمى "دولة فلسطين" كنوع من الترحيب بهذا القرار، والذي اعتبره ايضا حلا غير كاف لمشاكل المنطقة.
وفي12/5/،2014 صدر خبر عن الفاتيكان يطمئن فيه لجان مقاطعة "اسرائيل" الى أن البابا سيعلن موقفا مناهضا لاستمرار اعتقال سلطات الاحتلال الأسرائيلي للأطفال الفلسطينيين الأسرى، واستخدام اساليب فظة ضد الفلسطينيين مثل المداهمات الليلة لمنازلهم، كما ورد في تقرير صدر عن وزارة الاعلام الفلسطينية
جدول زيارة البابا
| السبت، 24 أيّار 2014 | |
| 8:15 | المغادرة من مطار فيوميتشينو (Fiumicino) في روما، بإتجاه عمّان |
| 13:00 | الوصول إلى مطار المَلِكَةِ علياء الدولي في عمّان |
| 13:45 | مَراسيمُ الإستِقبال في قصرِ المَلِك حُسين في عمّان، وزيارة رسمية لصاحبي الجلالة ملك وملكة الأردن |
| 14:20 | لقاء مع السلطات في المملكة الأردنيّة الهاشميّة. كلمة لقداسة البابا |
| 16:00 | القدّاس الإلهي في استاد عمّان الدولي. عظة للأب الأقدس |
| 19:00 | زيارة موقع المغطس وبيت عنيا عبر الأردن |
| 19:15 | لقاءٌ مع بَعض اللاجئين والأشخاصِ ذَوِي الإحتياجات الخاصّة في كنيسة “بَيت عَنيا عبر الأردن” اللاتينيّة. كلمة للأب الأقدس |
| الأحد، 25 أيّار 2014 | |
| 8:15 | مَراسيم مغادرة الأردن من مطار الملكة علياء الدولي في عمان |
| 8:30 | الوصول إلى مطار المَلِكَةِ علياء الدولي في عمّان مغادرة مطار الملكة علياء الدولي في عمّان بواسطة طائرة مروحيّة ستتوجه مباشرة نحو بيت لحم |
| 9:20 | الوصول إلى مهبط الطائرة المروحيّة في بيت لحم |
| 9:30 | مراسيم الإستقبال في القصر الرئاسي في بيت لحم، وزيارة رسميّة لرئيس دولة فلسطين |
| 10:00 | لقاء مع السلطة الفلسطينية – كلمة لقداسة البابا |
| 11:00 | القداس الإلهي في ساحة كنيسة المهد في بيت لحم. عظة الأب الأقدس |
| 13:30 | تناول طعام الغداء مع بعض العائلات من فلسطين، في كازانوفا التابع لدير الآباء الفرنسيسكان في بيت لحم |
| 15:20 | لقاء مع أطفالٍ من مخيّمات الدهيشة وعايدة وجبرين للاجئين، في مركز الفينيق التابع لمخيّم الدهيشة للاجئين |
| 15:45 | مراسيم مغادرة دولة فلسطين في مهبط الطائرة المروحيّة في بيت لحم |
| 16:00 | مغادرة مهبط الطائرة المروحيّة في بيت لحم بواسكة طائرة مروحيّة ستقله إلى مطار بنغوريون الدولي في تل أبيب |
| 16:30 | مراسيم الإستقبال في مطار بنغوريون الدولي في تل أبيب. كلمة لقداسة البابا |
| 17:15 | الإنتقال إلى مدينة القدس بواسطة الطائرة المروحيّة |
| 17:45 | الوصول إلى المهبط المخصَّص للطائرة المروحيّة على جبل المكبّر |
| 18:15 | لقاء خاص مع بطريرك القسطنطينيّة المسكوني في القصادة الرسوليّة في القدس. التوقيع على اعلان مشترك. |
| 19:00 | اللقاء المسكوني بمناسبة مرور خمسين عاماً على اللقاء الذي جمع البابا بولس السادس بالبطريرك أثيناغورس، في كنيسة القبر المقدس (كنيسة القيامة) في القدس. كلمة لقداسة البابا. |
| 20:15 | تناول طعام العشاء مع البطاركة والأساقفة وحاشية قداسة البابا في البطريركية اللاتينيّة في القدس |
| الإثنين 26 أيّار 2014 | |
| 8:15 | زيارة لمفتي القدس الأكبر في مبنى المجلس الأعلى الذي يقع في باحات المسجد الأقصى. كلمة لقداسة البابا. |
| 9:10 | زيارة الحائط الغربي في القدس |
| 9:45 | وضع اكليل من الزهور على جبل هيرتسل في القدس |
| 10:00 | زيارة متحف “ياد فاشيم” في القدس. كلمة لقداسة البابا |
| 10:45 | زيارة رسميّة للحاخامين الأكبرين في مركز “هيخال شلومو” في القدس، بالقرب من كنيس القدس الأكبر. كلمة لقداسة البابا |
| 11:45 | زيارة رسميّة لرئيس دولة اسرائيل في المقرّ الرئاسي في القدس. كلمة لقداسة البابا |
| 13:00 | لقاء خاص مع رئيس الوزراء الإسرائيلي في مركز نوتردام في القدس |
| 13:30 | تناول طعام الغداء مع حاشية قداسة البابا في مركز نوتردام في القدس |
| 15:30 | زيارة خاصة لبطريرك القسطنطينيّة المسكوني في المبنى المجاور لكنيسة “أيها الرجال الجليليّون” (Viri Galileai) على جبل الزيتون |
| 16:00 | لقاء مع الكهنة والرهبان والراهبات والطلاب الإكليريكيين في كنيسة الجسمانيّة، عند أقدام جبل الزيتون. كلمة لقداسة البابا |
| 17:20 | القداس الإلهي مع رؤساء الكنائس الكاثوليكية في الأرض المقدسة وحاشية قداسة البابا، في عليّة صهيون في القدس. عظة لقداسة البابا |
| 19:30 | الإنتقال بواسطة الطائرة المروحية من المهبط المخصص لها على جبل المُكَبِّر، إلى مطار بنغوريون الدولي في تل أبيب |
| 20:00 | مراسيم مغادرة دولة اسرائيل في مطار بنغوريون الدولي في تل أبيب |
| 20:15 | مغادرة مطار بنغوريون الدولي في تل أبيب إلى مطار تشيامبينو (Ciampino) في روما |
| 23:00 | الوصول إلى مطار تشيامبينو (Ciampino) في روم |
