حصلت جامعة الأقصى على اعتماد من الهيئة الوطنية للاعتماد والجودة بوزارة التربية والتعليم العالي لبرنامج الماجستير والبكالوريوس في التخصصات التالية: " ماجستير الإدارة التربوية، ماجستير الكيمياء" وفي برنامج البكالوريوس تخصص "لتدريب الرياضي" وذلك ابتداءً من العام الدراسي 2017/2018م

 من جانبه أكد رئيس جامعة الأقصى الدكتور كمال الشرافي  حرص الجامعة  للارتقاء بالتعليم النوعي من خلال اختيار التخصصات النوعية ، مشدداً بضرورة  التركيز على الدراسات العليا  والعمل على تعزيز التطوير المؤسسي للجامعة، وتطوير البرامج الأكاديمية الحالية لمرحلة الماجستير والبكالوريوس وتطويرها وفق معايير الجودة ومتطلباتها، بما يلبي حاجات المجتمع الفلسطيني.

وتمنى د . الشرافي أن تبقى جامعة الأقصى بغزة منارة للعلم والمعرفة، ورمزاً للحضارة والثقافة في المجتمع الفلسطيني.

ومن جانبه أوضح نائب رئيس الجامعة للشؤون الأكاديمية الأستاذ الدكتور أيمن صبح ، أن اعتماد برامج الماجستير والبكالوريوس يعد مكسباً لطلبة الجامعة وللمجتمع الفلسطيني، معرباً عن تمنياته في الحصول على اعتمادات جديدة  للعديد من البرامج النوعية على مستوى الدراسات العلي