بُعيد احتلال إسرائيل لمدينة القدس الشرقية في 1967، أقرت حكومتها بمسؤولية دائرة الأوقاف الإسلامية عن إدارة شؤون المسجد الأقصى.
وفي حينه، تم اعتبار ذلك استمرارا للوضع التاريخي والقانوني القائم الذي ساد في المسجد الأقصى منذ العهد العثماني.
ولكن في 15 يونيو/ حزيران 1967، أقام الحاخام الأكبر للجيش الإسرائيلي شلومو غورن، وخمسون من أتباعه، صلاة دينية في ساحة المسجد.
واستمرت محاولات الشرطة الإسرائيلية، التدخل في شؤون المسجد الأقصى من خلال فرض القيود على دائرة الأوقاف الإسلامية، التابعة لوزارة الأوقاف الأردنية، وبخاصة عمليات ترميم المسجد.
وفي 14 أغسطس/ آب 1979، حاولت جماعة "غرشون سلمون" الاستيطانية اقتحام المسجد الأقصى، بعد أيام من طلبها من المحكمة العليا الإسرائيلية السماح بصلوات اليهود في المسجد، ولكنّ المصلين المسلمين أفشلوا الاقتحام.
وفي 13 يناير/ كانون الثاني 1981، اقتحم أفراد حركة "أمناء جبل الهيكل" المسجد الأقصى.
وفي 11 أبريل/ نيسان 1982، اقتحم الجندي الإسرائيلي هاري غودمان المسجد، وأطلق النار على المصلين ما أدى إلى مقتل فلسطينيين اثنين وإصابة العشرات.
وفي 27 يوليو/ تموز 1982، تم اعتقال أحد نشطاء حركة "كاخ" المحظورة، بتهمة التخطيط لنسف مصلى قبة الصخرة.
وفي 10 مارس/ آذار 1983، تم اعتقال مجموعة من المستوطنين، لدى محاولتهم التسلل إلى المسجد ليلا.
وفي 9 أغسطس 1989، سمحت الشرطة الإسرائيلية للمتطرفين بأداء الصلوات عند الأبواب الخارجية للمسجد الأقصى.
وفي 8 أكتوبر/ تشرين الأول 1990، قُتل 21 فلسطينيا وأصيب المئات في مجزرة داخل المسجد الأقصى، أثناء تصديهم للمستوطنين، الذين أعلنوا نيتهم وضع حجر الأساس لبناء الهيكل الثالث داخل المسجد.
وشهدت السنوات ما بين 1990 إلى 1999 العديد من الاقتحامات من قبل متطرفين، للمسجد.
وفي 25 سبتمبر/ أيلول 1996، أعلنت الحكومة الإسرائيلية افتتاح نفق أسفل الجدار الغربي للمسجد الأقصى، ما فجّر ما عُرف بـ"هبّة النفق"، في الأراضي الفلسطينية.
وعلى إثر اقتحام رئيس الوزراء الإسرائيلي الأسبق أرئيل شارون في 28 سبتمبر 2000، للمسجد، ما أدى إلى اندلاع الانتفاضة الفلسطينية الثانية، فقد أوقفت دائرة الأوقاف الإسلامية برنامج زيارات غير المسلمين إلى المسجد.
ولكن في أبريل 2003، اتخذت الحكومة الإسرائيلية قرارا أحادي الجانب بفتح المسجد الأقصى أمام اقتحامات المستوطنين رغم احتجاجات ورفض دائرة الأوقاف الإسلامية بالقدس.
وفي 2015 تصاعدت دعوات اليمين الإسرائيلي، للتقسيم الزماني والمكاني، للمسجد الأقصى بين المسلمين واليهود.
في ديسمبر/ كانون الأول 2016، سمحت الشرطة الإسرائيلية لمتطرفين باقتحام الأقصى، حفاة الأقدام وبلباس المتدينين.
وفي خطوة غير مسبوقة، أغلقت الشرطة الإسرائيلية يومي 14 و15 يوليو/ تموز 2017 أبواب المسجد الأقصى بشكل كامل.
وفي أكتوبر 2021، سمحت محكمة الصلح الإسرائيلية بما سمتها "الصلاة الصامتة" في المسجد.
وفي 22 مايو/ أيار 2022، أصدرت محكمة الصلح الإسرائيلية بالقدس، حكما أوليا بالسماح للمستوطنين بأداء صلواتهم التلمودية بـ"صوت عالٍ" والقيام بما يشبه الركوع أثناء اقتحامهم لباحات المسجد.
وتقول الحكومة الإسرائيلية إنه "لا يوجد أي تغيير في الوضع القائم في الحرم الشريف، ولا يُخطَط للقيام به".
غير أن الهيئات والمرجعيات الدينية في القدس تقول إن الحكومة الإسرائيلية تنتهك الوضع القانوني والتاريخي القائم بالمسجد الأقصى.
